使用時間長了的真空捏合機很最容易沾染各種各樣的污染如油漬，茶漬，咖啡等形成一塊快的色斑，嚴重的影響真空捏合機的色澤。由于真空捏合機存在著細小毛孔，雜物污染會慢慢滲入板面的內部，難以清除。除了一些常見的化學清洗方式外，還有一些需要專業設備的物理清洗方式如粒子流、超生波、電化學等清洗方式。    

       通常真空捏合機的清洗要經過三個步驟：    
       第一：清洗溶液通過毛細現象滲入板面的內部。    
       第二：所滲入的清洗液在真空捏合機內部與之發生化學作用或者溶解污染物。    
       第三：要將清洗液稀釋或用特殊方法將溶解液吸出，清除細孔內的雜物。    
       三步過程中以第二步最為重要，一般要根據污染物的不同性質選擇不同的清洗液，以常見的為堿性。另外，一些特殊的表面活性劑也是清洗真空捏合機表面的良好清洗劑。